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Lorsque une commande est tapée dans l'invite de commande, le système d'exploitation cherche à localiser le programme à appeler (dans ton cas, java.exe)
Il parcours alors les chemins définis dans la variable d'environnement PATH (séparés par des virgules). Si plusieurs 'java.exe' sont trouvés dans les répertoires, il ne conserve le dernier trouvé.
Donc, un bon moyen de contrôler la localisation de java est de créer la variable d'environnement JAVA_HOME et de l'ajouter à la fin de la variable PATH
exemple:
set JAVA_HOME=C:\Program Files\Java\jdk1.6.0
set PATH=%PATH%;%JAVA_HOME%
java -version
Et on doit trouver la bonne version de java.
Pour rendre ceci permanent, il faut se rendre dans l'administration des variables d'environnement:
1. bouton "Démarrer" + bouton "pause"
2. onglet "Avancé"
3. bouton "variables d'environnement"
4. positionner les nouvelles valeurs dans les variables système
5. pour tester, ouvrir une nouvelle invite de commande et taper : "java -version"
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