Pourquoi ne pas convertir d'abord tes fichiers, puis les joindre et enfin les reconvertir. C'est juste une idée...
Apres un logiciel comme MediaCoder, par exemple peut joindre différents types de fichiers. Mais attention toutefois, comme avec VirtualDub, il faut que les fichiers aient les mêmes caractéristiques.
Sinon, j'ai aussi vu le logiciel "Easy Video Joiner" et tu as également "Quick Time Pro", mais ce sont des logiciels payants semble-t-il. E gratuit, peut-être que "Free Video Joiner" pourrait convenir? Il doit y en avoir beaucoup d'autres...
Regarde ce message pour le logiciel YAMB aussi : http://www.forummobiles.com/lofiversion/index.php/t78619.html