Disque dur lent après utilisation logiciel

Bonjour,
Un ami m'a assemblé un PC dont voici la configuration : Carte Mère ASUSP5QTurbo - Ram 2 x Corsair Xms2 800Mhz 2Gb DDR2 - Disque dur Seagate Barracuda 7200.12 500Gb - Carte graphique NVidia GeForce 9800GT - Carte son SB X-Fi Xtreme Audio.
Au démarrage pas de soucis tout se passe bien. Le problème survient après un certain temps passer sur le web ou après avoir jouer sur l'un des 2 logiciels installés actuellement (DOOM3 et Microsoft Train Simulator). Ma config devrait être largement capable d'assurer ces jeux.
Lors de la navigation sur le web ou durant les jeux pas de problèmes. Ceux-ci arrivent lorsque l'on veut passer du web à un jeu ou d'un jeu à l'autre. Il faut alors rebooter le PC sinon soit l'accès au disque dur est interminable, soit les graphismes sont nuls.
J'ai remarqué dans mon gestionnaire de périphérique que j'avis tout en double au niveau des Contrôleurs ATA/ATAPI voir image ci-dessous :
http://www.hiboox.fr/go/images/divers/gest-periph,de409bb7281d66540cf25a6d5924e50b.bmp.html
Pour le canal IDE principal, le premier ne serait pas activé mais aurait un mode de transfert actif Ultra DMA mode 5 ; le second serait activé mais un mode de transfert actif non applicable. Le problème viendrait-il de là et comment le résoudre.
Remarque, la carte mère actuelle remplace une précédente Asus P5Q S775 qui était défectueuse. Réinstallation sans formatage du disque dur.
Des idées ?
Merci d'éavance à ceux ou celles qui pourront m'aider.
Cordialement,
Hervé

faut pas chercher plus loin

Merci pour la réponse qui confirme ce que je craignais.
Par contre, faut-il faire un formatage complet ou procéder à la réinstallation de Windows XP suffit. Je crois que pour une réinstallation à partir de CD Windows, il demande à un momment si l'on veut formater. Sinon comment formater un DD ; j'ai entendu parler d'une disquette boot, malheureusement, je n'ai pas de lecteur de disquette.
Cordialement,

lors de l'installation de windows tu auras la possibilité de formater

Merci beaucoup. Je vais m'y mettre demain en espérant que tout fonctionne parfaitement.

Cordialement,

Hervé